Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение Кулешовская средняя  общеобразовательная школа   № 16 начала свою деятельность 1 сентября 1985 года.

С момента своего открытия в 1985 году школа прошла период становления (1985-89гг.), период стабильного функционирования (1989-92гг).

С 1993 года школа успешно участвует в осуществлении инноваций различного уровня от районного до федерального.

В 1995 году школа получила статус образовательного учреждения с профильным обучением на III ступени.

В 1996-2005 годах школе присвоены звания «Школа года» и «Школа XXI века»  по итогам конкурса, учрежденного Министерством образования Российской Федерации, комитетами по образованию Государственной Думы и Совета Федерации совместно с международной газетой «Педагогический вестник».

С 1999 года на основании представления Совета сети федеральных экспериментальных площадок МО РФ школе присваивается статус «Федеральная экспериментальная площадка» для реализации проекта «Формирование жизненных проектов учащихся группы риска в условиях адаптивной сельской школы».

В 2005 году решением Совета школы утверждена новая программа развития «Формирование жизненных проектов учащихся в условиях адаптивной сельской школы» на 2005-2010гг.

В 2006 году программа развития была представлена для участия в конкурсе в рамках Национального проекта «Образование» и получила президентский грант.

С 2008 года школа является экспериментальной инновационной площадкой по программе «Школа-ВУЗ». В рамках данной программы школа сотрудничает с экономико-правовым колледжем и факультетом экономики и права ЮФУ. Ученикам школы предоставляется возможность параллельного обучения на III ступени школы и колледжа по специальностям «Экономика и бухгалтерский учет (по отраслям)» и «Право и организация социального обеспечения». Учебный процесс обеспечивается профессорско-преподавательским составом института экономики, управления и права ЮФУ   совместно с ведущими специалистами школы.

С 2012 года школа получила статус  пилотной площадки «Школа здоровья». Пилотный проект по здоровьесбережению направлен на решение проблемы сохранения и укрепления здоровья школьников.  Для реализации проекта школа оснащена инновационным аппаратно-программным комплексом «АРМИС».

С 2012 года школа является пилотным учебным заведением по внедрению обучающей программы по основам малого предпринимательства. Целью проекта является: создание условий для формирования у обучающихся компетенций в области основ предпринимательской деятельности, обеспечивающих успешность их будущей самостоятельной деятельности в сферах малого и среднего  предпринимательства.

В 2017 году Московский центр непрерывного математического образования при содействии Минобрнауки РФ опубликовал рейтинги лучших школ в России, обеспечивающих высокий уровень подготовки выпускников. МБОУ Кулешовская СОШ №16 включена в топ-300 сельских общеобразовательных организаций.

В рамках реализации национального проекта «Образование» в 2021 году в МБОУ Кулешовской СОШ №16  Азовского района 1 сентября состоялось открытие Центра образования естественно-научной направленности «Точка роста».

Школа имеет звание «Школа года», «Школа века», «Академическая школа», «Школа высшей  категории». Имеет статус «Федеральная экспериментальная площадка», является пилотной школой в области правового образования. В 2006 году школа участвовала в национальном  проекте «Образование» и выиграла президентский грант.